Antik Çağda adı "Agrilia" olan Alaçatı, Batı Anadolu tarihinde "İonia" diye adlandırılan, İzmir'in güneyinden başlayıp Menderes Irmağına kadar uzanan bölgenin tam merkezinde yer alır. Beldemize en yakın "ion" kentleri Alaçatı'nın bir köyü ve bugünkü adı Ildırı olan "Erythrai", Sakız adası yani "Chios" ve Urla İskelesi "Klazomenai"dir.
Heredot Tarihi'nin birinci kitabında İonia hakkında şöyle yazar: "İon'lar kentlerini bizim yeryüzünde bildiğimiz en güzel gökyüzü altında ve en güzel iklimde kurmuşlardır. Ne daha kuzeydeki bölgeler, ne de daha güneyde kalanlar İonia ile bir tutulabilir, hatta ne doğusu, ne batısı; kimisi soğuk ve ıslak, kimisi sıcak ve kurak olur." İon kentleri Akdeniz'deki kolonilerin de kurulmaya başlamasıyla M.Ö. 7. yüzyılda altın çağlarını yaşamışlardır. Bu dönemde 12 şehirden oluşan ion Birliği özellikle bilim, felsefe, heykeltıraşlık ve mimaride dünyaya yol göstermiştir. Sonraları Roma döneminde de parlak günler devam etmiş, Hristiyanlığın yayılmasında ve Bizans sanatının doğuşunda etken olmuşlardır.
Erken Osmanlı tarihinde Alaçatı'ya kaynaklarda bir "Yaya-Müsellem" köyü olarak rastlıyoruz; yani fetihlerin genişlemesiyle, fethedilen yerlere iskanlarla nüfus ve asker sayısı artınca 1361 de kurulan ordu teşkilatının bir parçası : "Yaya" (piyade) ve "Müsellem" (süvari) köyü… Beldemiz adını da işte bu yıllarda yerleşen "Alacaat Aşireti"nden alıyor. 1830 larda Bölgenin ayanı Hacı Memiş Ağa - ki bugün adı Alaçatı'nın bir mahallesinde yaşamaktadır- depremlerle sarsılan Sakız Adasında yoksullaşan Rum nüfusu çeşitli işlerde çalışmak üzere bölgeye "davet eder", böylece yalnız Alaçatı değil, Çeşme, Karaburun ve Urla'nın da kaderi değişmeye başlar. Yerli nüfus "harpte savaşırken" Rum gençleri bağlarda, zeytinliklerde yardımcı olmaya başlarlar.
Bu arada güneyi bataklık olan Alacaat köyünde halk sıtmayla da savaşmaktadır, bataklığı kurutmak üzere Alaçatı Limanına bir kanal açılmasına karar verilir. Kanal inşaatında çalışmak üzere gelen Rum işçilere büyük toprak sahibi Türkler tarlalarını "imar" edip işlemeleri koşulu ile verirler. Yeni köy de denizden birkaç kilometre içeride kurulur, bugün Alaçatı'nın birer birer restore edilmekte olan taş evlerinin çoğu 1850- 1890 yılları arasında inşa edilmiştir.
19. yüzyıl sonunda artık "Alatzata" köyü (Rumlar "Alacaat"ı "Alaztata" yapmışlardır) özellikle bağları ve şarabı ile önemli bir üretim ve ticaret merkezi haline gelmiştir. Çoğu Rum olan nüfus 12.000 e ulaşmıştır. 1873 te Alaçatı'da Belediye Teşkilatı kurulmuştur.
1912 Balkan Savaşıyla Alaçatı'nın kaderi bir kez daha değişir. Balkanlardan kaçan göçmenlerin gelmesiyle Rumlar arasında panik ve göç başlar. 1919 da İzmir'in işgaliyle birlikte, Alaçatı'ya göçmüş olan Balkan göçmenleri bu sefer de Anadolu'nun içlerine doğru göçmeye başlarlar, bu süreç Kurtuluş Savaşının bitiminde Alaçatı'ya tekrar dönmeleriyle sonlanır.
Bu arada 30 Ocak 1923 tarihinde Türkiye ile Yunanistan arasında Lozan'da "mübadele anlaşması" imzalanır; dünyada ilk ve son kez yapılan bu uygulama ile 2 milyon insan yerinden yurdundan olur… Bu anlaşma uyarınca İstanbul'daki Ortodoks Rumlar ile Batı Trakya'daki Müslümanlar hariç Yunanistan'da yerleşik Müslümanlar Türkiye'ye, Türkiye'de yerleşik Ortodoks Rumlar da Yunanistan'a gönderilir.
Böylece Balkan Savaşı yıllarında Alaçatı'ya Kosova 'dan ve Bosna'dan gelen Arnavut ve Boşnak göçmenlere Selanik (Karaferya'lılar), Kavala (Kınalı ve Karacaova'lılar), Girit ve İstanköy'den gelen mübadiller de eklenir ve Alaçatı nüfusu 10 yıl gibi kısa bir sürede tamamen değişmiş olur.
